马芳掌兵之后，首先要做的一件事，就是改变明军的"怂"。他任宣府游击时，重立"军战连坐法"，规定临战畏敌不前者，后队斩前队，将领畏敌不前者，士兵斩将领，每战依旧率先冲杀敌阵，引得属下殊死效命。
但仅仅如此，还不能改变边军的问题，于是马芳又提出三条建议，和一条制敌战略！
一，1552年马芳提议，"尽遣宣府客兵，以乡人守乡土，可得虎师"，因为客兵缺乏死战之心，本地之兵的背后就是父老乡亲。
二，马芳认为"兵之优劣，重在选练之效"，在军中制定严格的赏罚管理训练条例，更经常在训练中"亲执械示范格杀"，总之狠狠的操练士兵，戚继光也极为重视练兵。
三，针对明军中克扣军饷、军粮、虐待士卒、权贵擅调士兵充奴婢等现象，马芳强力整顿，一旦发现决不轻饶，甚至对山西权贵"拔刀怒向"。经过整顿，一时间"军纪大振"，深得士兵拥护。
