隆庆元年（1567年）到隆庆四年，俺答汗又多次南侵，但每一次都遭到马芳痛击。其中，隆庆元年马芳率军尾随追杀二百里，在长水海大破俺答汗主力；隆庆四年马芳长途奇袭，差点在威宁海子被抓俘虏。
隆庆四年，马芳长途奇袭四个月之后，孙子逃亡明朝，俺答汗撑不住了，于是接受了明朝的和议，这就是历史上著名的"隆庆和议"，从此明蒙总体上有了60余年的和平。而这和平的到来，关键就是马芳，是他一刀一刀打出来的。所谓枪炮出现之后，蒙古人变得载歌载舞了；马芳屡次大胜之后，效果也一样。
值得一提的是，整个明朝中前期，蒙古势力一直很强，但经过明朝200余年的不懈努力，包括马芳等浴血奋战，才逐渐削弱了蒙古实力。正因如此，后来努尔哈赤、皇太极等才能轻松摆平蒙古，清朝不过站在明朝的肩膀上摘果子罢了。
