袁世凯胳膊拧不过大腿，铁良的背后有慈禧做后盾，情况如果照此发展下去，后果将对他十分不利。但明着对抗，显然袁世凯又没有必胜的把握，因此他采取了以退为进的策略，蓄势待发，等待东山再起的时机。
不久，袁世凯便主动上奏，将北洋六镇中第一、三、五六四镇兵权上交，归陆军部直接统辖。留下的第二、第四两镇，他以"大局尚无全定，直境幅员辽阔，控制弹压，须赖此兵"为由，请求朝廷仍让他统辖。其实，这是袁世凯在试探慈禧。
很快，慈禧便下了批示"现在各军，均应归陆军部统辖。所有第二、四两镇，著暂由该督调遣训练"。慈禧此举很高明，既给了袁世凯一个体面的台阶，同时又留了一手，特意强调是暂时由袁世凯统辖，这说明了朝廷早晚会将兵权全部收回。北洋四镇收归陆军部后，铁良立即任命满人凤山为练兵大臣，从而控制了兵权。
二，将高级军官的任免权收归陆军部
北洋六镇从一开始就是袁世凯的私人武装，各级军官都是他一手安插的，所以从上到下都是袁氏的心腹，军官的进退荣辱也皆掌握在他手中。这种性质，其实和湘军、淮军没有根本区别，是典型的兵为将有。
