之前，各省的军饷名义上是解送朝廷，其实大多为袁世凯所占。铁良规定，此后各省军饷统一由度支部（户部）转陆军部收放。为了达到这样的目的，他还上奏希望自己兼任度支部尚书，以统一事权。尽管未能如愿，但度支部尚书仍为满人，因而军饷也就牢牢地控制在铁良之手。
种种举措表明，铁良在争夺军权、军饷、军事教育等方面取得了不错的成绩，实现了满人掌兵的愿望。然而事情并非如此，北洋集团势力盘根错节，袁世凯仍然在暗中操作着实际权力。
首先是铁良倚重的满族将领凤山对他并不忠心，和满族亲贵也是格格不入，相反却与袁世凯关系密切。因此，朝廷收归的北洋四镇，但在人事任用等方面多遵循袁世凯的意见。
更有甚者，凤山也积极投入到奕劻的门下，以此来对抗他的顶头上司铁良。为了重新控制凤山，铁良拒绝保举凤山为陆军部侍郎相威胁，这就导致了两人的矛盾冲突激化，从而也影响了对北洋旧部的人事整顿和改造工作。
北洋四镇除了第一镇外，其余三镇皆为袁世凯一手编练而成。收回了军权并不代表着朝廷就能指挥，实际情况表明，陆军部的命令乃至朝廷的命令，在北洋三镇中基本无法通行，阳奉阴违之事时有发生。这也是铁良最为头疼的事。
