其次是慈禧虽然解除了袁世凯的大部分兵权，但对他的信任依旧，时人称"世凯虽罢兵权，而西后眷遇不衰"。更关键的是，奕劻在朝中的权势超过铁良，在他的维护下，袁世凯并没有受到根本性的制约，反而指责铁良排挤过甚。可以想见，以铁良一人之力，想要彻底搬到袁世凯绝非轻而易举。
铁良争夺失利，袁世凯重掌兵权
铁良想改革却无法措手，想排挤袁世凯却无法得逞，在舆论压力下，慈禧不久任奕劻管理陆军部，职位在铁良之上。奕劻素来党袁，铁良也想效仿袁世凯以财货投其所好拉拢奕劻。可让人意外的是，奕劻谁的钱都收，唯独不收铁良的，而且致使铁良陷入困境。
对于这种结果，大部分满洲亲贵是不甘心的，为了彻底削夺袁世凯的兵权，光绪三十三年（1907年）七月，袁世凯被调任为军机大臣兼外务部尚书。袁世凯离开直督一职，表面上是提升他，其实是让他失去对军队的直接指挥权。不过继任直督的杨士骧仍然是袁的亲信，直隶军政仍未袁所把持。
军机大臣、外务部尚书并非是袁世凯所要的，到了京城以后，他仍在寻找机会夺取陆军部，袁、铁之争依然暗潮汹涌。不久，斗争升级，袁上奏参劾铁良任用私人，将北洋数镇搞得前功尽弃。这一边，奕劻也在发力，极力诋毁铁良，在各种势力的打压排挤下，铁良最终落败，兵权之争以袁世凯取胜落下帷幕。
不仅如此，袁世凯还将手伸向了各省新军，上奏凡添练新军，自统制以下各级军官，均应从北洋军中调派，手段愈加巧妙。幸好慈禧及时发现了他的野心，予以拒绝，否则全国的新军都将置于北洋集团的控制之下。
