后金在东北兴起后，对明朝和蒙古各部都形成了威胁。察哈尔部的林丹汗采取了联合明朝共同抗金的策略，不过并未奏效。在不到二十年的时间里，后金横扫蒙古各部。1636年，后金大汗皇太极被奉为蒙古大汗。同年，皇太极改国号为大清，即后来的清朝。
此时，蒙古虽然已经被征服，但这种征服是靠强大的武力实现的。一旦清朝实力不济，对蒙古的控制势必无法持续。为此，清廷采取了一些非常有效的控制手段。
首先是分旗制度。从前蒙古各部可以比较自由的放牧，但清朝给蒙古的王公都按旗划分了固定的牧区，各旗只能在自己的牧区放牧，这样就割断了各部之间的传统联系。更重要的是，以前从属于一位首领的大部落，被划分为好几个旗，每个旗都有各自的札萨克，直接向清政府负责，这样就大大削弱了原来那些大部落首领的实力。旗的上级单位是盟，合数旗而成，最高长官叫盟长。盟受清政府的严密控制，每三年聚会一次，主要就是调解各旗之间的纠纷，没有什么特别的权力。
