清朝采取第二个控制蒙古人的办法就是利用宗教的影响力。蒙古人信奉西藏的黄教，即格鲁派。清廷就利用这一点笼络蒙古各部的宗教势力，但同时清政府又极力阻止蒙古发展一个统一的宗教领袖。哲布尊丹巴呼图克图是一位在蒙古人心中拥有很高声望的活佛。清廷为了抵消他的影响力，又特意扶持了另一位宗教领袖章嘉呼图克图，来牵制哲布尊丹巴的影响。为了防止贵族同宗教领袖结盟，清朝还规定不许从贵族家庭中寻觅转世活佛。清朝对蒙古采取的控制手段虽然挺高明，但这些是在"术"的层面。还有一个让蒙古彻底臣服的重要原因是因为清朝赶上了好时候。
从十六世纪开始，来自欧洲东部的沙皇俄国开始不断向远东地区扩张。这就直接导致了蒙古人的生存空间越来越小。到了清朝初期，此时还处于独立状态的喀尔喀蒙古就面临很尴尬的境地，一边是强大的沙皇俄国，另一边是强大的大清帝国。以当时的形势而言，喀尔喀蒙古被吞并只是时间问题。最终，喀尔喀蒙古选择举旗投向和自己信奉同一宗教的清朝。此外，随着武器技术的发展，火器应用越来越广泛。过去所向无敌的蒙古骑兵在火器面前全部成了活靶子。所以，蒙古的实力就越来越弱，自然也就没能力搞事情了。
