建文帝面对来势汹汹的朱棣大军也毫不示弱，他任用耿炳文，李景隆和盛庸等大将率军北伐，对朱棣大军迎头痛击。当时，朱棣的燕军约30万人，而建文帝的南方大军超过100万，因此二者实力上明显拉开来了差距。公元1400年12月，燕军与南方军在东昌（今山东聊城）交战，朱棣在盛庸的引诱下误入埋伏，结果朱棣大军的主将张玉阵亡，最后朱棣只好率燕军北退。次年，朱棣大军又卷土南下，在夹河（今河北武邑）遭遇盛庸的伏击，虽然此次朱棣大军险胜，但损失惨重。总而言之，朱棣发动靖难之役还没占到便宜。
虽然朱棣大军气势凶猛，但是毕竟在数量上差了南方军一大截，再加上多次战败也在一定程度上削弱了整体实力。于是，朱棣北退之后开始休养生息，一方面制定新的南下策略，另一方面开始大力扩充军队。然而，朱棣此时却犯难了，因为他南下讨伐建文帝就不合乎"礼"，再说他自己什么目的谁都知道，所以很长时间都招不到新兵。一段时间之后，朱棣日思夜想有了个好点子--祭奠阵亡将士。
公元1402年2月，朱棣下令修建祭坛，还请了很多得道高僧做法，为阵亡将士超度亡灵。在此之前，还没有哪位藩王祭奠阵亡将士，因此祭奠这一天来了很多人，不仅有阵亡将士的家属，还有百姓们也都来观祭。祭后，朱棣又亲自诵读了自己写的祭文，当他读到一半时声泪俱下，读完后便瘫坐在地上泣不成声。
