三年后，王闿运后辞退尊经书院教职，回到湖南，先后主持长沙思贤讲舍、衡州船山书院的教务，并于光绪二十八年（1902年）赴江西，主办南昌高等学堂，之后，他回到湖南，一直在湘绮楼讲学授徒。他先后培养的数千弟子，可谓"门生满天下"。他的学生中，杨度、夏寿田、廖平、宋育仁、杨锐、刘光第、胡从简、齐白石、张晃、杨庄等。
船山书院
光绪三十二年（1906年），湖南巡抚岑春萱念王闿运德行出众，奏请清政府授予他翰林院检讨的官职，宣统三年（1911年）又加封他为翰林院侍讲。
之后，王闿运虽应邀出任袁世凯政府的国史馆馆长，但他轻视袁世凯，并故意用一位老保姆做护身符，最后辞职溜了。
