这是因为，王闿运在编写《湘军志》时，坚持以严肃的态度、公正的立场。在该书里，他一方面恰当地褒扬湘军的英勇善战和功勋战绩；另一方面，他对湘军创建初期屡战屡败的实际经历，对曾国藩战役指挥时"用将则胜，自将则败"等作了真实记录；特别是对曾国荃攻破江宁之后纵军掳掠抢劫也做了真实披露。所以，《湘军志》编印之后，湘军将领看了非常气愤，认为该书乃是"谤书"。曾国荃看到记录他进天京后烧杀抢掠事实时，气得大喊要宰了王闿运。王闿运只好把《湘军志》的刻板全部交给了曾国藩的得力幕僚郭嵩焘，将刻板毁了，王闿运才没有遭曾国荃的惩治。才得免祸。《湘军志》直到光绪九年九月（1883年）才四川重刻再版。
王闿运离开湘军阵营之后，主要是从事教育活动了。他担任多个著名书院院长的职务，非常用心地教育学生，他培养的学生后来不少成了名人。
光绪五年（1879年），四川总督丁宝桢邀请王闿运应担任成都尊经书院山长。
王闿运的教育方法有两个特点，一是他在教学中不像平日里对待官员的态度那样，狂狷谐谑、锋芒毕露，而是很严肃、很严格、很认真，他爱护学生，尽其所能教育学生，他要求严格，每天有日记，每月有课卷。
二是传授给学生独特的学习经典的方法。他对学生说："治经於《易》，必先知易字含数义，不当虚衍卦名；於《书》，必先断句读；於《诗》，必先知男女赠答之辞，不足以颁学官，传后世，一洗三陋，乃可言《礼》，《礼》明然后治《春秋》。"对《易》《书》《诗》《礼》指出了与当时教学不一样的学习要点。此外，他还强调："说经以说宇为贵，而非识《说文解宇》之字为贵"，"文不取裁放古则亡法，文而毕摹乎古则亡意。"指出了学古文需要创新性的理解。当时蜀地比较堵塞，通儒不多，王闿运的教学理论让当地的士子耳目一新，使学子们能深入地了解该如何研诵经史，注疏经典。
