咸丰十一年（1861年）朝局大变。咸丰帝病死，慈禧太后抓住时机，联合恭亲王奕訢发动宫廷政变，辅弼皇太子载淳为帝、总摄朝政的肃顺等八位"顾命八大臣"被慈禧和奕訢诛灭，史称"祺祥政变"或"辛酉政变"。当时王闿运在山东，躲过一劫。只是，王闿运从来都没有后悔在肃府的这一段经历，他不但从不埋怨肃顺，而且，他还一直对肃顺感念不已。他后来还送金银给肃顺的家人。即便是躲到乡间依、以避"肃党之嫌"的时候，他还写诗咏吊："当年意气各无伦，顾我曾为丞相宾。俄罗酒味犹在口，几回梦哭春华新。"直至他晚年时，王闿运还流着泪忆肃顺："人诋逆臣，我自府主！"他不管别人如何诋损肃顺逆臣，而他一直把他当成是知遇之情的恩人。
这足见王闿运是不忘情义的人。王闿运还冒着很大风险，编写了《祺祥故事》，为肃顺等被杀辩解。
当然，王闿运在肃府任教读的这一段经历，既断绝了他往后往官场走的路，也促成他养成了鄙视高官、桀骜不羁的态度和性格。
此后，王闿运当幕僚，当书院院长，当国史馆馆长等，主要是从事教育和文史方面的工作，从未成为正式的官员。而最能体现王闿运纵横家理念的是他大胆为曾国藩提出了一个绝妙的策略。
同治元年（1862年），王闿运回到湖南，应邀进入湘军，成为曾国藩的幕僚。但王闿运主治《春秋公羊传》，重"改制"，讲"变易"，推崇纵横家理念，而曾国藩是晚清有名的理学家，重礼教，遵"道统"，对于"改制"极为谨慎，所以，王闿运与曾国藩常所议不合，不久，王闿运便离开了湘军幕府。
