显然，建文帝也意识到了这一点，在齐泰、黄子澄的建议下决定削藩，但是，忌于燕王势力最大朝廷只能对其他藩王下手。周、岷、代、湘、齐诸位藩王，先后被削藩夺权，除了湘王自焚了断之外，其余藩王皆被贬为了庶人。燕王本就担心朝廷不会放过自己，而朝廷官员的告密更是让他警觉。
之后，燕王决定先发制人，效仿汉景帝时的吴王刘濞，打着清君侧的名号出征。但是，不同于刘濞的失败，燕王在此战争中节节胜利，一度迫使建文帝贬谪齐黄二人，以缓燕军。最后，燕王拒绝了建文帝的割地投降，一举攻下南京，称帝号为：明成祖。
建文帝在这次叛乱中不知所踪，而这，便是历史上有名的"靖难之役"。朱棣作为靖难之役的胜利者，史书怎么写自然也是照着他的意愿来。明太祖在皇明祖训中立下规矩：凡是皇位继承，必须遵守"嫡子优先，无嫡立长"的原则。
而明成祖朱棣，很可能为了让自己的登基更加名正言顺，对历史的篡改也是在所难免的。
