在崇祯即位后，他立即开始重用东林党人，开始雷厉风行的对魏忠贤及其阉党势力展开清算，但凡与阉党勾结或往来的朝臣，但凡疑似与阉党勾结或往来的朝臣，通通都问罪下狱。这件事，成为崇祯皇帝平生干得第一件大事，也是唯一干成的一件大事。
具体到孔贞运，他不属于东林党，自然也不被东林党人所喜欢。可是，他又实在和阉党牵扯不上关系，而且还是孔子孔圣人的直系后代。因此，对于这种无害一般存在之人，东林党还是授予了他虚职，继续在国子监中担任祭酒，从事他们孔家的老本行教育工作。
1629年，听闻孔贞运的学识渊博，而且授课精彩，崇祯皇帝还御驾亲临国子监专门听取孔贞运讲授《书经》和《皇明祖训》。
此事，立即在社会上引起了不小的轰动，远在唐贞观年间，祭酒孔颖就曾经向太宗李世民讲授《孝经》。一千年后的崇祯朝时，同样担任祭酒的孔贞运再次为当朝天子授课，再现了儒学的盛世。据《明史·孔贞亮传》记载:
二年正月，帝临雍，贞运进讲《书经》。唐贞观时，祭酒孔颖达讲《孝经》，有释奠颂。孔氏子孙以国师进讲，至贞运乃再见。
