1630年，孔贞运辞官归乡为父丁忧守制。在守孝期满后，他被朝廷重新起用，担任了南直隶礼部侍郎一职。虽然官位获得了升迁，但南直隶毕竟远离大明权力的中心北京，远离崇祯皇帝。
对此，孔贞运并没有丝毫的泄气或者不满，仍然严格履行自己的职责。在任职期间，孔贞运对于弥漫于江南各地的奢靡之风非常反感，对于弥漫于文坛的风花雪月也非常反感。正是在他的大力整饬下，才逐渐扭转了南直隶的文风和政风，使其更加的求真务实。
1634年，孔贞运调任了吏部左侍郎，重新返回了北京任职。这段期间，崇祯皇帝更换内阁大臣已经到了近乎变态的程度，阁臣像走马灯似的频频更替，而孔贞运也被授予了礼部尚书之职，成为朝廷六部的正职。
两年后，崇祯再一次更新内阁班子，孔贞运被授予文渊阁大学士的身份，获准入阁参预机务。当时，担任首辅的是温体仁，此人一贯溜须拍马但却深得崇祯信任，成为崇祯朝在任时间最久的首辅。
