按照常理，已经六十二岁的孔贞运入阁已经偏老了。而明朝是一个严格按资排辈的朝代，尤其在内阁中更是如此，谁先入阁谁为尊。要是同年入阁的，那就谁先进入翰林院谁为尊。显然，孔贞亮应该与首辅无缘了，除非奇迹出现。
结果，崇祯就是一个"创造奇迹"的皇帝，他更换阁臣就像换件衣服这么随便。排在孔贞运之前的阁臣们，有的被骂走，有的被逼走，有的被吓走。反正，孔贞运进入内阁还什么正事都没干呢，排名就蹭蹭地前移。
首辅温体仁被罢职后，张至发成为了大明的继任首辅。不可否认，张至发在处理具体政务方面，还算是有点儿手段，但在其他方面甚至还不如温体仁，搞得朝廷混乱不堪，对内对外皆无建树。
面对崇祯的失望和群臣的弹劾，张至发只得不情不愿地递交了辞呈，主动离开了内阁归乡养病去了。就这样，入阁还不满两年的孔贞运，就成为了新一任首辅，这样的升迁速度，只能出现在崇祯时期。
担任首辅之初，崇祯对孔贞运的确宠信有加，寄予厚望。一来，孔贞运是孔子的第六十三世孙，名气大；二来，孔贞运长期在国子监和礼部任职，学问好；三来，孔贞运和东林党或阉党之间都没有勾联，无朋党。
