1644年，随着李自成攻入京城，崇祯帝在前殿召集群臣，结果无人奉旨前来。崇祯绝望地走向煤山，在一棵歪脖树上吊死了自己，衣服里面用血写有一道遗诏。据《明史》记载:
朕自登基十七载，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。
已经退休在家闲居的孔贞运，听闻"甲申国变"的消息，竟开始痛哭不已，一再重复"主上圣明，诸臣误国"。之后，他竟然绝食数日并在家中悲恸过世，享年六十九岁。
流亡的南明小朝廷闻讯，还特旨赐谥号"文忠"。乡人为了纪念这位生得豪横，死得也豪横的首辅，特意建了孔氏宗祠，门口一副对联--"圣人之后，帝者之师。"
