凭借这两次连续参与修订实录之功，孔贞运很快崭露头角，为更多人所关注。1625年，他担任了当年会试的考官，这对于刚入翰林院没几年的生瓜蛋子而言，几乎是不可想象的。
由于朱由校不理朝政，朝局被魏忠贤所把持，阉党势力已经逐渐击败了东林党的势力，到了气势熏天的地步。而对一心沉浸于学业的孔贞运而言，无论是东林党得势，还是阉党得势，他都选择"不粘锅"，不选边。
对于孔贞运这样的异类，无论是东林党亦或阉党都不愿意过多搭理。反正，若想得到重用不可能，若要担任一些虚职嘛，随你便。就这样，孔贞运升任为左春坊左谕德。
1628年，一代优秀的木匠朱由校终于稀里糊涂的死掉了。死后无嗣的明熹宗，他的江山只得由其弟信王朱由检继承，也就是后世著名的那位崇祯皇帝。
