不过，正当所有人都认为孔贞运会一路兵不血刃通过进阶考试时，他却每每都名落孙山。甚至于，就连孔贞运自己都开始怀疑，科举之路还是否要继续坚持下去。
到了1612年，都已经年届四十岁的孔贞运才终于通过了当地的乡试，在成为举人的同时，他也终于获得了参加会试的机会。
又过了七年，已经四十五岁的孔贞运才终于考取了进士的身份。之后，他在已未科的殿试中取得一甲第二名的成绩，成为了"榜眼"。这个成绩，比起我们普通人来说依然足以耀眼，毕竟明朝科举考试极难，能成为进士实属不易。但是，比起之前在"大明首辅系列"中出现过的绝大部分首辅而言，无疑逊色不少。
此后，孔贞运被授予了翰林院编修之职，开始在此熬资历和等位子。好在，他的出生的确太显赫了，刚开始排队就获得了参与纂修《神宗实录》的机会。结果，《神宗实录》刚开始修订，《光宗实录》也开始了，因为朱常洛当了二十八天皇帝就嗑药致死了。
