爱新觉罗氏的这种做法，得到了一些蒙古族上层人士的支持。1688年，漠北蒙古由哲布尊丹巴率哈尔哈部归清。此后，各世哲布尊丹巴均受清政府册封，成为统治外蒙古的主要支柱。
康熙三十年(1691)，为了削弱哲布尊丹巴的影响，清王朝有意扶植起另一个蒙古宗教领袖章嘉喇嘛为"呼图克图"、"灌顶普善广慈大国师"，总管内蒙古佛教事务。
第二代章嘉呼图克图(1717-1786年)在清廷的鼓励下，用藏、满、蒙三种文字编写祷词，把汉族的关圣大帝同蒙古人信奉的西藏黄教的三大神扯到一起。
到十八世纪末，清廷还出钱资助建造关帝庙，作为旗人官员的监护神。这样一来，关帝在蒙古人心中的地位变得越来越高，最后和西藏以及蒙古传说中的英雄格萨尔王的化身"毗沙门天"地位相当。
