这种责任感迫使袁崇焕可能逐渐模糊了他心中的那份世故与狡黠，于是他杀了明朝皮岛的总兵毛文龙，这个做法后来被史学家认为是错误的。因为毛文龙纵有千般不是，也不应该由袁崇焕来杀。同时，由于杀了毛文龙，造成了尚可喜、孔有德与耿精忠的投清，这三个人后来成了清朝夺取中原的最大功臣--当然，在汉人看来可能是最大的汉奸。
杀毛文龙是袁崇焕后来被杀的第二个伏笔。
在皇帝看来，最大的威胁可能不是来自于异族的入侵，而是功劳过大或者是权力过大的臣子。在这个原则下面，再中流的砥柱也是要杀的。袁崇焕杀毛文龙触及了崇祯的软肋，虽然崇祯当时不吭气，但心中是记上了。
袁崇焕的错误还在于他居然逼崇祯动用自己的私房钱为军队发军饷。崇祯皇帝的心胸绝对不会如唐宗宋祖那样开明。但他迫切地想做那个大明中兴之主的愿望又强迫他将这些不满与愤怒压在心底。有这样的因素，即使袁崇焕五年真正能平了辽，也未必能得善终。
而袁崇焕终究五年没有复辽，而大清的军队居然打到了北京城下，崇祯的忍耐终于到了极限。这位皇帝此时心中一定充满了怨毒，这种怨毒是他对袁崇焕一味长期忍让的喷发。从他杀大臣的手段来看，袁崇焕让他所付出的坚忍肯定是一种无法忍受的痛苦，所以当幻想破灭（在他看来是）的时候，杀掉袁崇焕，并且让他史无先例地屈辱地死去才能发泄他心中的怨毒，这种发泄，甚至会让他不顾大明的前途。
