但是刘裕无法进一步扩大北伐的成果，因为后方不稳定。正当刘裕灭南燕之时，孙恩的残余势力在卢循、徐道覆的带领下，在交州发动起义，起义军分两路北上，攻陷了江西、湖南大片地方，直逼建康。在这样危急的情况下，刘裕赶紧班师回朝。411年，刘裕消灭了卢循起义军，暂时稳定了南方的局势。
东晋末年以来的孙恩-卢循起义虽然以失败告终，但是却推动了历史的进步。起义军攻陷了江东许多地区，将王、谢等世家大族的庄园洗劫一空，加速了士族的衰落和寒门的崛起。卢循起义后，刘裕对士族大开杀戒，如太原王愉、陈郡谢混、高平郗僧施等均被刘裕杀害。刘裕为首的北府兵的统治就更加稳固了。从412年到413年，刘裕又杀害了北府兵中的竞争对手刘毅、诸葛长民等，距离称帝也就一步之遥了。
在内部问题解决之后，刘裕又开始对外出兵，继续提高自己的声望。刘裕首先讨伐的是益州的谯纵。405年，益州谯纵乘东晋衰乱之际，据有巴蜀称王，臣服于后秦。412年末，，刘裕命大将朱龄石率2万大军进攻益州，第二年7年，成都被攻破，益州收复。
收复巴蜀后，刘裕就开始接触荆州的武装。当时的荆州刺史司马休"颇得江汉人心"，成为了司马氏的中流砥柱。刘裕讨伐是司马休，其目的主要是为了铲除司马家族的势力，为自己称帝做好准备。415年，刘裕下令讨伐司马休，司马休兵败，投奔后秦。后秦就派遣军队不断侵扰荆州一带，刘裕也就开始进行第二次北伐。此时的后秦已经进入了末期，内部的宗室斗争十分激烈，外部有北魏、大夏的威胁。416年，刘裕出兵北伐。417年，刘裕灭后秦，收复了长安、洛阳。
