战后，李渊赏赐秦琼金瓶，并感动地说道："你不顾家小投奔了我，现在又立下这样的大功。我的肉都可以割下来让你吃，更何况这些金银赏赐呢"？
李渊的这番话，或许就是李世民与秦琼，相行渐远的根本原因。在玄武门之变中，骁勇的尉迟恭又是劝李世民起兵、又是抓来房玄龄出谋划策，又是射死齐王李元吉，最后还亲自逼迫李渊让权。可是同为猛将的秦琼，却没有太多事迹，赏赐甚至连程咬金都不如。
唯一的可能就是因为李渊，秦琼在这场宫廷政变中并未出全力，只是做了些辅助工作。毕竟，当时李渊是皇帝，秦琼对李世民兵变有所保留也是很正常的。李世民称帝后，再未与秦琼有密切交谈，应该就是在玄武门之变引发的芥蒂。
其后每多疾病，因谓人曰："吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？"? --《旧唐书》
