针尖对麦芒的交锋中，瓦岗之主李密都被乱箭射下了战马，瓦岗大军折损大半。正当骁果军要围杀李密，彻底击溃瓦岗军之际。秦琼奋力死战，杀散了围困的骁果军，将中箭昏迷的李密救了出来。安置好李密之后，秦琼再次带着亲卫返回战场，并且收拢了大量瓦岗溃军，一场反攻击败了骁果军。
打败10万骁果军不仅是秦琼的丰功，也是瓦岗的巅峰。可是，此战之后瓦岗精锐损失殆尽；而且李密也变得好大喜功、目空一切。再加上李密为了除掉翟让，使得裴仁基、单雄信、李绩等翟让部将，或伤、或死、或离心。
虽然李渊没有出关中，但李密还是在争夺中原时输给了王世充。王世充对秦琼昔日救主事迹很清楚，瓦岗覆灭后，直接封秦琼为龙骧大将军。但秦琼、程咬金觉得王世充不是明主，在与唐军对阵时一起投了李渊。
高祖令事秦府，太宗素闻其勇，厚加礼遇。--《旧唐书》
