除了学习外，张居正对万历皇帝的日常生活管教得也很严格，比如节俭、节欲等，这都让小皇帝心里不爽，虽然不能公开反抗，但在心中对张居正是比较"痛恨"的。
当然还有一点很重要，就是张居正的"专权"，他也是历史有名的独断专行者，朝中一切都是他说了算，皇帝倒成了臣子的工具。在万历帝渐渐长大之后，心里就极为不满。那时，万历想要见哪个大臣，也须经张居正的点头，皇帝太没有自立性和自由度了。
在皇权社会，尽管理论上，皇帝应欣赏和支持张居正，因为张居正毕竟是为了大明江山的繁荣富强而工作，他忠于大明江山是无疑的。但皇帝都有私心，他要求自己的臣子不仅要忠于社稷，更重要的恐怕是要忠于他本人。而忠于皇帝本人，是个很复杂的东西。除了人好、能干等因素外，恐怕还有一条就是会讨皇上开心，皇上想花钱了，你得想办法去弄。如果你经常对皇帝要求很苛刻，让他省着花钱，就必然会遭到皇帝的厌弃。像清朝的和珅那样，明明是奸臣，但他极会讨皇帝的欢心，所以乾隆帝就很器重他，离不开他。
但张居正不管这些。万历帝尽管理智上认为张居正做得对，但在情感上其实十分讨厌他，甚至恨他。所以张居正一去世，就遭到了万历帝的清算。
（三）万历帝的"无为而治"
