洪秀全、冯云山回到紫荆山后，因为官绅迫害，不便公开活动，只能依靠杨秀清、萧朝贵主持事务。洪秀全承认了杨秀清、萧朝贵分别为天父、天兄代言人的特殊身份。这样拜上帝宗教的权力结构由洪秀全的一元领导，转变为洪秀全与杨秀清、萧朝贵的交叉二元领导。某种程度上说，杨、萧的权力凌驾于洪之上。杨、萧利用天父、天兄代言人的身份，主导洪的行动，洪秀全的行止谋划也需得到他们的同意。
为了制衡杨、萧，洪秀全不断注意笼络和提拔其他基地的首领。先乘杨秀清生病之际把韦昌辉拉进了中枢，后来又加上石达开。韦昌辉，初名正，广西桂平人，出身于小地主家庭。韦家受大地主欺压，韦昌辉很是愤恨，在冯云山的开导下，献出家产加入拜上帝会。石达开，广西贵县人，出身于农村的一个小康之家。当他12岁的时候，就"凛然如成年人，自雄其才，慷慨有经略四方志，喜读兵法"。韦、石二人进入中枢，使中枢权力结构一时得以平衡。
在金田起义前后，杨秀清、萧朝贵为了共成大业，也经常以天父、天兄下凡发言，肯定洪秀全编造的君权神授的故事--上帝派洪秀全下凡，主宰世间，洪秀全是真命天子的神话，并号召信徒拥护洪秀全，"共扶真主"。
1850年初至春夏间，远近各地的拜上帝会首领及骨干分子陆续被召至平在山秘密朝觐洪秀全，并聆听天父、天兄圣旨。据记载，有时一晚就"有几多众小来朝"，或"有好多兄弟到来"，甚至还有"他方兄弟来投"。神秘而又庄严的氛围使这些开国元勋们诚惶诚恐，又振奋不已。
