崇祯九年，高迎祥率军从汉中出发，准备谋夺西安，大概就是走的三国时期魏延建议诸葛亮偷袭长安被否决的道路，被明朝陕西巡抚孙传庭伏击，高迎祥兵败被俘，押解到北京后被杀，直到这个时候，李自成才接手高迎祥的残部，自成一军，且成为新的闯王，算是能跟张献忠平起平坐了。
因高迎祥被杀，农民起义军陷入低谷，到底还是打不赢明朝的正规军，在之后的几年中，各地农民起义军都为如何躲避官军的追剿而头疼不已，李自成还一度被官军杀得只剩下十八个人，跑到山中躲藏，张献忠干脆就接受了明朝的招安，这个时候，农民起义军别说找一位领导人出来，能否自保都是问题。
崇祯十一年，清军再次入关，各地明军的主力大多调往边关迎敌，农民起义军借机再次崛起，张献忠降而复叛，李自成也从大山中杀出，农民起义军再次掀起风浪。崇祯十二年，原本在陕西负责剿匪的洪承畴调任蓟辽总督，明军调集十多万精锐随洪承畴出关和清军作战。
