与军纪问题同时获得改善的，还有军粮问题。
渡江攻占集庆，有了自己的地盘后，朱元璋决定改变解决粮食问题的方式，不便再强行征取：他决定在自己的占领区实行"屯田"。龙凤四年（公元1358 年）二月，他任命康茂才为营田使，专门负责兴建水利。又分派诸将在各处开荒垦地，立下规矩，用生产量的多少来决定赏罚。龙凤六年闰五月，朱元璋正式下令废除"寨粮"制度，全面实行百分之十的"十一税"，大大减轻了百姓负担。此外，朱元璋还对领地内地主逃亡，土地被贫民占领的现状一律予以承认。且"令民自实田"，也就是发动群众进行田产清查，不许瞒报土地少交赋税。
除了善于笼络民心，朱元璋也十分擅长收买对手的"军心"。龙凤二年，朱元璋俘虏了陈兆先军三万六千人。朱元璋很欣赏这支军队的战斗力，为了征服军心，朱从俘军中挑出五百名精壮，说要安排给他们特殊任务。这些人不知道朱给他们什么任务，惶惶不安。到了晚上，朱把自己的亲兵撤走，让这五百人做自己的侍卫。自己钻进帐篷，脱下战甲，倒头就睡。这五百人感动不已，从此死心塌地效忠朱元璋，三万六千俘虏也由此军心安定，很快成了朱军的主力。
对待那些不愿意投降的元朝旧将，其他起义军一般就杀掉了事。朱元璋却以极大耐心，千方百计劝降，招降之后，也敢于放手使用。元朝都元帅康茂才在应天战败，被朱元璋劝降。后来他作战有功，第二年就被提升为秦淮翼水军元帅。元朝"义兵"元帅朱亮祖先在太平被俘，朱元璋立刻委以重任。不料几个月后他又叛归元朝。后来在战斗中又一次被朱元璋俘获。朱元璋爱其武勇，再次释放他，命他带大队兵马跟徐达等人去攻打宣城。朱亮祖由此倾心卖力，为朱元璋屡立战功。
龙凤十一年（ 1365 ）十月，朱元璋再派徐达、常遇春率领二十万大军出征张士诚，俘虏了张军六万人。朱元璋签发了亲笔密令，要求处死大部分战俘："吴王亲笔：……今差人前去，叫你每（们）军中将张军精锐勇猛的留一二万，若系不堪任用之徒，就军中暗地去除了当，不必解来。"这封亲笔信显示，这一役朱元璋部至少坑杀降卒四万。
