明武宗朱厚照继位后，西厂复开。朱厚照只顾玩乐，不理朝政，大太监刘瑾专权，被称作"立皇帝"。当时，东厂由马永成掌管，西厂由谷大用掌管，深得朱厚照宠信。为了巩固自己的老大地位，正德三年（1508年）八月，刘瑾矫诏"立内（行）厂，刘瑾领之"，"时东厂、西厂缉事人四出，道路惶惧。瑾复立内行厂。"
内行厂侦查范围比锦衣卫、东西厂更广，权势更大。关键是除了监察臣民外，内行厂还可以缉捕审讯厂卫。锦衣卫和东西厂的人都不敢得罪他们，落在他们手上，有理都说不清。更别说一些没什么地位的官员们，见了内行厂的人都害怕得浑身发抖甚至下跪。
内行厂首领刘瑾仗着朱厚照撑腰，对反对他的人极其严酷，"罪无轻重皆决杖，永远戍边，或枷项发遣。枷重至百五十斤，不数日辄死。"数年之中，"官吏军民非法死者数千"，人人谈内行厂而色变。刘瑾权势滔天，甚至官员上任都要先拜见这位"立皇帝"，京官出使要送钱孝敬，外官入朝也要送刘瑾万金才行。
