不过，锦衣卫在辉煌了5年之后就被朱元璋废除了，至于理由，史书并没有留下来。后来，朱棣通过靖难之役上位后，为了稳固自己的权利，又再度启用锦衣卫，并给予其极大的权利。朱棣起兵期间，一些宦官们出过力，朱棣因此更加信任宦官。后来为了不让锦衣卫一家独大，又设立了东厂，由宦官担任首领。
相比于锦衣卫，东厂职能为"访谋逆妖言大奸恶等"，名义上虽然"与锦衣卫均权势"，但东厂除了兼有锦衣卫的职能，其侦缉范围更广，可无需奏章直接向皇帝汇报。皇帝一旦听到风吹草动，百官的问题可由锦衣卫负责查办，皇亲宗室的问题则让东厂查办。除了查办大案要案，东厂还有一个职责，即监视锦衣卫，凌驾于锦衣卫之上。
从朱棣时代一直到明朝中后期，东厂一直很牛，直到西厂出现。不过，西厂的设置完全是个偶然。明宪宗时，京城频频出现神秘案件，明宪宗命宦官汪直派人出宫伺察，于是汪直利用机会，捕风捉影，危言耸听，让宪宗深信不疑。为了加强特务统治，明宪宗于1477年增设"西缉事厂"，简称西厂，首领由大太监汪直担任。
自此，锦衣卫、东厂、西厂这三驾马车组建完成，合称厂卫，成为拥有缉捕、审判、执行的绝对权力机构。尤其是西厂，权力超过东厂，人数比东厂要多一倍，侦缉范围自京师遍及全国。首领汪直为了一已私利，制造大量冤假错案，令朝野上下人心惶惶。成立了5个月，就遭众人反对而被迫撤销，后来虽然复开，也只存在了5年，随着汪直的失势而遭解散。
