内外蒙古实行盟旗制度。这种制度首先在内蒙古实行，后来推行到外蒙古、新疆、青海等蒙古族居住地区。旗制有似八旗制度，是政权组织又是军事组织和社会组织。盟由数旗组成。每旗由清廷从本旗王公、台吉或塔布囊内任命旗长一人掌管旗务、再加上协理台吉2-3人协办旗务。此外还设管旗章京一人统管一旗之事，副章京一至二人分管一旗之事。内外蒙古同时也实行军府制。内蒙古设察哈尔都统、热河都统、绥远城将军，外蒙古设乌里雅苏台将军和科布多参赞大臣。绥远、张家口驻兵2万多，畿辅、热河及陵寝围场驻兵1.7万。
西北地区的新疆行政因民族杂居，故行政制度不一，乌鲁木齐、巴里冲等地实行郡县制，蒙古族住的地方实行盟旗制，天山南路实行伯克制。整个西北地区也实行军府制，设伊犁将军，西北驻防八旗兵18000人。
清朝从皇太极时起就设有管理蒙古少数民族事务的机构蒙古衙门，祟德三年改名为理藩院。顺治朝后此院仍然存在，职能扩大到回部和诸藩部。"制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰。"
