清朝对少数民族所居住的边疆地区的管理十分成功，周总理曾说："清代以前，不管是明、宋、唐、汉各朝，都没有清朝那样统一。"清朝对西南地区的管理实行改土归流，对蒙古、东北、西北边疆地区的统治和管理采取如下措施。
一、设军事行政机构管辖
清朝对这些地方的统治、管理与一般行省不同，不设督抚，都实行军府制，由将军率八旗驻防。
东北是清朝龙兴之地，而沙俄在顺治、康熙朝就曾把侵赂的触角伸到黑龙江流域，清朝统治者对这里十分重视，在这里实行军府制，分设盛京将军、吉林将军和黑龙江将军，兼军政和民政两个方面。多处筑城，设立总管和副都统，驻有重兵4万，而内地各省驻防仅16000人。
