衙门官员、太监、勋臣三类人员共同组成了南京政府部门。
明朝两京制度的危害
明朝中后期，党争日益严重，在北京失意的官员多集中在南京。一时之间，南京顿时成为反对派的大本营。于是便出现了对立的两党各据一京，互相贬斥，针锋相对的情况。我们知道有有一种说法，即明朝亡于党争，虽然有以偏概全之嫌，但党争的确使大明王朝产生了严重的内耗。这其中两京制度和南北两京的存在，在客观上为党争提供了方便的大门，因此从某种程度上说，两京制度可以称为取祸之道。
最明显的例子就是，南明王朝没能像南宋一样占据半壁江山苟延残喘，一部分原因就是南京官员的存在，这些官员大多为政治上失意的东林党人。这些人在南明弘光政权建立之时，就起到了搅屎棍的作用。大致原因就是东林党之前曾反对福王朱由菘的父亲老福王朱常洵出任万历皇帝的太子，现在崇祯皇帝死后三个儿子不知所踪，堂弟福王朱由菘如果继位，东林党怕被清算，于是始终反对朱由菘当皇帝。
