福王无奈之下，只能寻求江北三镇的武将支持，虽然最后顺利继位。但造成了两个问题：
一是明末的党争，在南明依旧大行其道，国难当头，内斗为先，这是非常要命的。
二是明末本来地方军队就有军阀化的趋势，福王寻求武将支持，无异于是自我降低身份，更使南明的军阀化严重，使朝廷对于军队的掌控变弱。
南明王朝的先天不足导致了他没能划江而治，而这其中党争便是罪魁祸首，再往深层次追寻的话，明朝后期南北两京的政治对立，早就埋下了覆亡的祸根。
总的来说，明朝的两京制度是顺应时代发展的必然产物，有适应经济文化需求发展的内在因素，也有抵御外族，军事战略部署的外在因素。两个朝廷最开始并未显露出政治上的先天弊病，但随着党争的日益严重，明朝的两京制度在客观上给党争提供了天然的土壤，加速了明朝的灭亡，我想这应该是朱元璋、朱棣等人所始料未及的。
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