四月初一日，建文帝至信朱棣，表示愿意"封以强藩大号，请罢兵归国"。朱棣似乎有些动摇，但他身边的那个和尚道衍劝朱棣拒绝接受书信，"劝却其书，王从之"。后来监察御史曾凤韶，从征断事高巍等忠义大臣又接连上书朱棣，强烈要求他罢兵，但是道衍表面同意，暗中继续进军，"奈何道衍变诈百出，初阳许之，后竟踰盟。" 从这些记载来看，道衍和尚在关键时刻起到了坚定朱棣立场的作用。
五月，朱棣大军准备渡江了，满朝大臣束手无策，建文帝特命都督佥事陈瑄率水师抵御，可是他却投靠了朱棣，还献上渡江的计策，朱棣成功夺位后，他被封为平江伯。
六月壬戌日，靖难师至金川门，户科给事中龚泰从城上跳下自杀。靖难军在金川门外等了三个多月，才有人出来开城门。但是《建文皇帝遗迹》中没有说献金川门的是李景隆，只说"有约开门迎纳者"，但是这个开金川门的人差点被忠于建文帝的大理寺丞邹瑾、监察御史魏冕等人打死。"大理寺丞邹瑾、监察御史魏冕率同僚十八人，即殿前殴之几死。"二人还大呼："快杀了我们，我们不想和你们这些不义的人活在一起！"可见，建文帝到了最后时刻，还有一群坚定不渝的死忠，说明他是很有人格感召力的。
第二天清晨，朱棣率军进入南京。《建文皇帝遗迹》记载这一天是九月的某一日。随后，宫中燃起大火，"母后与宫中俱自焚，后宫从死者甚众"。
