到了崇祯年间，财政状况有过之而无不及，但每名士兵的年俸已经超过了四十两，士兵在军饷不足的情况下，哗变也成了常有的事情，这就直接影响了士兵的忠诚度和士气值。
更为严重的，是募兵制下，部队的归属问题。明末的官兵私有化问题素来严重，比如各个边镇，有规模不小的家丁团体；而募兵制兴起以后，部队大多归将领所有，比如浙江的招兵，已经不再为部队挑选将领了，而是将领自行募兵，募得一百人授把总、募得三千人授总兵。如此一来，军队私人化问题就难以逆转，崇祯皇帝殉国后，南京京畿有江北四镇、荆襄有左良玉，拥兵近百万，但是这些士卒都是为将官个人效命的部队，他们的归宿也就和将官一样了--高杰在被刺杀以后，部队逐步溃散分裂；刘泽清、刘良佐两人投降满清，部队则成为了清军的前锋；黄得功部则死战殉国。
这些部队最终的归宿，都与其将官一致，而从不接受朝廷命令。这自然与明朝军人生存的大环境有关，但将官个人权力膨胀则是重要因素之一。
