这一点永乐皇帝十分清楚，因此在迁都北京以后，立即设立了京营，培养了二十余万常备军，在九边等地也逐渐以职业兵替代卫所军队。但是广袤的内地却依然存在着众多有田有籍却无人的"幽灵"卫所，军官占役严重、卫所军人逃往日益增多。不过因为一系列政治事件，使得这场改革被无限推延，直到局势越发不可收拾，卫所制才逐渐退出历史舞台。
随后战火催生了营伍制。
明英宗正统年间--也就是洪武之后第五位皇帝，改革才逐渐拉开序幕。土木堡之变后，明军京营损失殆尽，各地边防陷入危机，随后又有蒙古部落入侵北京，在卫所部队不堪用、不足用的情况下，明廷派遣御史前往内地募兵。
后来战事不断，为了弥补军队数量的不足，募兵成了常态，时时补充，到了嘉靖时代便大规模展开，卫所制度彻底边缘化，募兵成为了明军主力。
