耿恭他们冒着大雪随着援军踏上回家之路。在匈奴军队紧追不舍下，这支队伍且战且退，回到玉门关的时候，他们个个衣衫褴褛，形容枯槁。疏勒城中救出的26名勇士，只剩下了一半。在历史上留下"十三将士归玉门"的悲壮故事。
此后，东汉名将班超恩威并举，以各种手段制服反叛的势力，逐一平定西域各国。公元94年，西域都护班超调集龟兹等属国的7万人马攻下最后顽抗的焉耆、尉犁和危须三国。至此，西域大小50余国全部归附了汉朝，丝绸之路重新打通。
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到了唐代，640年唐太宗李世民消灭了吐鲁番的高昌国,在交河城设置安西都护府管理西域地区的军政事务。后来安西都护郭孝恪击败龟兹国，把安西都护府迁到龟兹（库车县），统辖龟兹、焉耆、于阗、疏勒（喀什）四镇，守护大唐西北边疆。
武则天当政时期，又在天山以北的庭州设置北庭都护府，分管天山以北和巴里坤湖周围地区。安西都护府则分管天山以南的西域地区。
