清朝初期在南中国设立三藩本就是为了安宁边疆，采用"以汉制汉"的方针来平定南明小朝廷和打击反清势力，免除朝廷的后顾之忧。然而，随着国内反清集团的覆灭，三藩手中的权力逐渐增加之后，对权力的欲望也逐渐膨胀起来。三藩各据一方，手握重兵，势力极大，特别是吴三桂在云南地区实行专卖政策，甚至还自己铸造钱币。不仅如此，吴三桂仍然理直气壮向囊中羞涩的清政府狮子大开口，索要军费开支，每年耗饷最多时达900多万两，平时亦不低于数百万，国家的财政收入，绝大部分被吴三桂等人要走。纵然如此，吴三桂仍不满足，还逼迫清政府让云南、贵州两省的官员都听任他的差遣，并允许他将自己的亲信派到云贵各地去任职，将云贵之地成为他的小王国。
康熙皇帝亲政以后，他清醒地意识到，吴三桂绝非宋朝功臣可比，仍是唐代藩镇之流，严重危害着国家的统一，必须要将三藩这个毒瘤剪除。而此时的吴三桂已过耳顺之年，其子吴应熊又是清廷驸马，他为什么不学习宋朝开国功勋石守信将兵权交还朝廷，拿着朝廷赐予的金钱和荣誉，回到老家做个"富家翁"，反而要冒如此大的风险起兵造反呢？
吴三桂和清政府之间，相互并不信任
吴三桂之所以要降清，一个主要原因就是他想借清兵之手，发动对李自成的战役，替自己的父亲报仇雪恨。但是，从心底里，吴三桂并不是真心降清，所以，李自成兵败之后，南明小朝廷为了表彰他的功绩，特封他为蓟辽王，而吴三桂也欣然接受了。清朝初年，清廷曾以大明臣属的名义公开寻找崇祯之子，声称会将崇祯之子立为正统。然而，当崇祯第三子朱慈炯被找到后，清廷又出尔反尔，声称此人是假冒的崇祯后裔，并将其处死。特别是南明小朝廷的覆灭，天下的反清势力失去了正统性和号召力，让吴三桂人骑虎难下，只能在攻入缅甸后，迫缅甸王交出南明永历帝并其绞死，向清朝表决心。
