崇祯二年（1629年），袁崇焕请出"尚方剑"，矫诏斩杀毛文龙，其旧部由副将陈继盛暂为代管。由于毛文龙在皮岛经营多年，威望甚重，深得皮岛将士拥戴，其被杀引起了旧部的强烈不满，"岛中将卒闻其死，皆哭云"。
以孔有德、李九成和耿仲明为代表的毛文龙旧部坚持认为："文龙无罪，横受屠酷"。毛文龙同样有"尚方剑"加身，袁崇焕无权杀他。只是事发突然，毛还没请出"尚方剑"，就被袁斩杀于军前。后来，袁崇焕被崇祯帝凌迟处死，两大罪状之一，便是擅杀毛文龙（另一条为私通皇太极）。
明末辽东局势图
毛文龙对孔有德、李九成和耿仲明三人有知遇之恩。他死后，三人将仇恨转向新任上司陈继盛身上，认为此人"不足与谋"。之后，三人联合成同盟与上司进行软对抗，消极怠工。为了稳定军心，明廷采取"散其徒众"的策略，将他们分散处置。三人被分配到登莱巡抚孙元化的帐前听用。刚升任巡抚的孙元化对三人很信任，分别委以重任。
