第二，孔有德、耿仲明归降后金，对明朝和后金的影响，要比祖大寿、洪承畴深远。得知孔、耿二人归降，皇太极亲率诸贝勒出盛京十里迎接，并使用女真人最隆重的"抱见礼"相待。皇太极之所以会如此重视，原因是孔、耿二人不光带来了一支舰队，还有后金最想要的红夷大炮、西洋火器和匠人。这些东西都大大加强了后金的军事攻击力，助其在后期与明朝作战时无坚不摧。
10000斤级红夷大炮
而明朝损失的不仅是兵员、装备的金钱，更重要的是科技上的优势被缩小。而最重要的是，登莱局势彻底糜烂不堪，山东腹地再无兵员可用，海上牵制力全无，使得后金可以肆无忌惮地在辽东用兵。
第三，这起兵变让原本就性格乖戾的崇祯皇帝变得更加不可理喻，开始更加不相信臣工，频繁进行人事调动，惩罚官员。使明末政坛产生了一股巨大的离心力，加速了明末割据势力格局的形成，以至于地方总兵敢于公开对抗皇权和督抚。
还有一点值得注意的是，明朝在海上围剿孔有德和耿仲明时，还顺带逼反了尚可喜。吴三桂父子以代罪之身参与登州平叛，叛乱平定之后，吴三桂因功升任辽东总兵。崇祯十七年，吴三桂引清兵入关。顺治六年，清廷为了表彰这些汉人的功劳，封孔有德封为定南王，耿仲明封靖南王，尚可喜封平南王，吴三桂封平西王。
吴桥那只鸡不但改变了许多人的命运，也间接地为明末清初"三藩"政治军事势力集团登上历史舞台提供了契机。
