之后石达开责备韦昌辉滥杀，两人发生争执，石达开当夜就逃出了天京城，而心狠手辣的韦昌辉则屠杀了城中石达开的家属。石达开悲痛之际从安庆起兵，声讨韦昌辉，因为石达开的功绩，天京城外的太平军将士也都相当拥戴石达开，洪秀全为了结束纷争，就将韦昌辉处死，之后又处死秦日纲和陈承瑢。
而清军趁着太平天国内斗，太平军实力大减之时，逐渐展开反攻，两军开始进行相持。此时的太平军虽然实力大减，但是在与清军的战斗中取得了诸多的胜利，而清军则仍然有败绩发生。此时的太平军在新秀将领李秀成、陈玉成的领导下，曾两次击破江北大营，纵横江浙一带，无人能敌。在1862年的九月，与洋枪队的交战中，重创武器先进的洋枪队，并且将洋枪队创立者华尔击毙。
而清军的胜利是从1863年的下半年开始的，这时候的太平军在失去了大量优秀的将领与精锐士兵后，终于走向了末日。
