太平天国为了控制安徽、江西，在北伐的同时派出另一支西征军，沿长江而上，在安庆、九江等地与清军展开了几次大的会战，结果也都是太平军胜出，清军大量的有生力量被歼灭，湘军主帅曾国藩也一度被围困在南昌，若不是石达开被调回援，湘军极有可能会被歼灭。而石达开回援后与秦日纲会合，大破江南大营，歼灭清军数万人。
太平天国经"天京事变"之后，军队的战斗力大不如前，仍然能够重创清军
从1856年到1862年为止的六年里，太平天国由盛转衰，虽然军队的实力大减，但是仍然能够重创清军。太平天国由盛转衰的标志事件就是"天京事件"，1856年，太平军攻破江南大营，解除了天京城的三年围困，手握大权的东王杨秀清见到太平天国的发展正猛，就逼迫洪秀全封他为"万岁"，北王韦昌辉对东王不满，遂与秦日纲突袭东王府，将东王及其家属，连同部下两万余人被杀。
