（三）第二次反叛
刘牢之第二次反叛是反司马元显。元兴元年（402年），桓玄起兵叛乱，沿长江顺流而下直逼建康。朝廷任命刘牢之为前锋都督、征西将军，领江州刺史，率军讨伐桓玄。此前一直表现勇猛的刘牢之突然变得畏首畏尾起来，担心打不过桓玄，又担心打胜以后功高震主而被掌权的司马元显猜忌。桓玄派人一劝，刘牢之居然不顾刘裕以及儿子刘敬宣、外甥何无忌等人的极力劝阻，轻易就向桓玄投降，让桓玄轻松攻入建康，导致司马元显及其父司马道子被杀。
这次反叛实在有些莫名其妙，让人难以理解。刘牢之以建军元老的资历掌握北府兵，坐镇战略要地京口，挟平定孙恩卢循起义的胜利之威，可谓名声大振。以此时的地位和实力，桓玄多半不敢轻举妄动，而朝廷也没有能力说拿下就拿下，真不知刘牢之的恐惧从何而来。刘牢之完全可以从道义或者利益的角度出发，从容做出决策，主动权牢牢握在自己手里。其实这应该算刘牢之的绝佳机会，如果当时选择打起拥护朝廷的旗帜率军平叛，毫无疑问将进一步提升自己的声望和实力。要是有点野心，那以后恐怕就没有刘裕什么事了；没有野心的话，则可以效仿陶侃，自保也不成问题。
