事后朝廷兑现承诺，刘牢之如约取代王恭，接管兖、青、冀、幽、并、徐、扬七州及晋陵的军务，从一名只是带领偏师作战的将领，一跃成为手握重兵的强藩，获得了实质性的重大利益。当然临阵倒戈这事干得很不厚道，刘牢之同时被谴责背主求荣也不算冤，但也不是没有自我辩解或自我安慰的余地。
一是王恭毕竟是以下抗上，理上有点站不住脚。刘牢之反叛王恭还可以说成是选择拥护朝廷的大义，舍弃忠于王恭的小义。以清君侧为名起兵逼迫朝廷，这样的事不可多为。而王恭干了一次还来第二次，画风似乎也有点不对，在朝廷和其他地方势力看来，已经颇有跋扈的味道。晋室南渡以来，地方势力威胁朝廷的事屡屡发生，有王敦、苏峻、桓温反叛在前，王恭手握重兵，一言不合就对朝廷武力相逼，谁知道以后会不会效仿？何况王恭第二次起兵本就过于任性，是被庾楷利用了，除了殷仲堪、桓玄等别有用心的野心家，支持者并不多。刘牢之也劝过王恭，但王恭不听。
二是王恭性情倨傲，不善抚御下属。王恭门第高贵，虽然倚重刘牢之的作战能力，但只当作行阵武将对待，视之为走卒，并不太礼遇，刘牢之自然心中不忿。王恭第一次逼宫时，起用王廞为吴国内史，令其起兵响应。然而事成之后便马上要求王廞解职，有点卸磨杀驴的意思。王廞不服，起兵反抗王恭。刘牢之被王恭派去击灭王廞，只怕也会感到有些心寒。
鉴于这两点，刘牢之反叛王恭也不是完全说不过去。当时对刘牢之予以道义上的谴责，恐怕更大程度上是对刘牢之掌握北府兵感到眼红。荆州方面的杨佺期、桓玄就打着为王恭申辩的旗号，起兵进逼京城建康，威胁朝廷要求除掉刘牢之。刘牢之也不客气，率北府兵进驻建康附近的新亭，迫使对方退兵，而刘牢之则得以牢牢掌握北府。随后率军平定卢循孙恩起义，风头一时无两。单纯从成败的角度来看，刘牢之反王恭这笔买卖还是划得来的，决策不算失误。
