此后，燕兵节节胜利，兵临城下。方孝孺却建议建文帝死守社稷，此时的燕军孤军深入，其所控制的区域不过河北一带，兵马是燕军和宁王朱权所部，绝大多数地区归朝廷控制，倘若建文帝撤离国都，诏令天下讨伐燕藩，断不会将江山拱手让出，最终建文帝自焚于皇宫（一说出家逃离），明朝皇位嬗变。
从历史发展的角度来说，燕王朱棣雄才大略，执政能力远强于朱允炆，靖难之役的成功对中国进程的积极作用更大。
就事件本身而言，建文帝用人不当，激化宗室矛盾，原本一件很容易的事情引发了全国性的战争，给刚刚恢复的明朝经济带来了沉重的打击。黄子澄、方孝孺等文官书生意气，在国家政务方面一塌糊涂，一错再错，可谓误国误民。因此，我们在观察历史时，要站在当时社会的角度，探究其对社会进程所做出的贡献。后世对方孝孺、黄子澄等人不乏褒奖之意，但是恰恰是他们的所作所为葬送了建文帝的政权，为国家和民众带来了沉重的灾难，可谓罪大恶极。
