朝廷重臣在削藩事宜达成共识后，面临削弱哪位藩王、如何削弱的问题。第一，削强藩，还是削弱藩？强藩是指长城沿线掌握重兵的藩王，如掌握重兵的燕王、宁王，晋王已经去世，燕王年龄居长，功勋最大；宁王兵马精锐，但是他的实际年龄比建文帝还小一岁。弱藩则是内陆各藩王，管辖兵力较少。第二，如何削藩，是维持物质待遇、剥夺兵权，还是废为庶人、严格管制？
其一，在削藩次序上，齐泰认为应该先废燕王，燕王实力最强，威胁最大，应当首先削弱燕王；黄子澄认为应该从有过失的亲王入手。建文帝支持黄子澄的观点，此举是建文帝犯下的第一个严重的错误。在各藩尚未洞察中央削藩意图时，中央可先下手为强，控制燕王，即可达到削藩目的，至于其他藩王，或削其护卫，或内地迁徙，只是时间问题。削弱一般藩王，则是提前暴露目标，为其造反提供准备时间。黄子澄此举可谓书生之见，给建文帝以及国家带来了沉重的灾难。在燕王朱棣进京朝见时，建文帝并未将其拘押。
其二，如何削藩，这关乎藩王的生存环境。中国历代削藩，均以收回兵权，剥夺了参政、统军权力为核心，但是还会给予藩王必要的地位和待遇，使其名义上尊贵但是缺乏实权。建文帝依照黄子澄的策略，不顾及手足之情，将有不法行为的藩王尽行废黜，废周、齐、代、岷四王为庶人，湘王自焚身亡。诸王尽管有不法行为，还是建文帝的叔辈，明太祖朱元璋的子嗣，建文帝可削其护卫，改换封地，或迁徙进京，建文帝却将他们贬为庶人，各王兔死狐悲，唯恐自己不得善终，中央与各藩王的矛盾彻底对立。在靖难之役中，各路藩王无一人支援朝廷，可见建文帝在宗室中处境尴尬，谷王朱橞在燕王起步后迅速撤离藩地宣府（今张家口）来到南京，在燕军兵临城下后献金川门，迎朱棣入城。
