宇文智及等人制定好计划后，才把阴谋告诉宇文化及，并拥立他为主公。宇文化及听说要让他干弑君篡国的大事业，马上便吓得屎尿全流，连连摇头表示拒绝。宇文智及见状便给他打气鼓劲，废了半天劲儿，才让后者稳定心神，接下这无比沉重的担子（"相约既定，方告化及。化及性本驽怯，初闻大惧，色动流汗，久之乃定。"引文同上）。
弑杀炀帝的计划进行的非常顺利。大业十四年（618年）三月十日，司马德戡、裴虔通、元礼等人领兵入宫，没有遭遇任何抵抗，便将炀帝搜捕到，并将其押至寝殿。宇文化及不敢直面炀帝，便命令校尉令狐行达将其缢杀，随即又尽杀隋氏宗室、外戚留在江都宫中者，唯有萧皇后和炀帝之侄、秦王杨浩幸免于难。
宇文化及弑君后，扶立杨浩为傀儡皇帝，随即又率军十余万，裹挟着杨浩及萧皇后等人北上，声称要返回关中。等到行至瓦岗军活动区域时，宇文化及屡次被李密击败，大多数将士因此纷纷逃亡，最终追随宇文化及者只剩下不到2万人。宇文化及窘迫无计，只好率残众逃亡魏县。
宇文化及早蓄异心，在北返途中便公然霸占炀帝的后妃团，衣食起居跟天子没有两样（"化及于是入据六宫，其自奉养，一如炀帝故事。"引文同上），俨然已把自己当成皇帝（史书虽没有明讲萧皇后的遭遇，但情况可想而知）。等到退居魏县后，宇文化及自知已是穷途末路，便想着在临死前过一把皇帝的瘾。
