朱元璋设藩之时没有意识到危害，难道他手下的李善长、刘伯温等谋臣也意识不到吗？当然不是他们不知道设藩的隐患，而是都不敢提，因为有前车之鉴，有一个人就因为建议朱元璋不要设藩而被杀害，此人还只是一个敢于直谏的地方小官，他就是山西平遥儒学训导叶伯巨，这样一来，朝中大臣自然也就不敢再多提半句，只能顺着皇帝的心意。
叶伯巨是元末明初的名人，学识渊博，朱元璋下诏让他到北方宣政教化，但听说朱元璋要给皇子们封藩，就写了一份上疏，其中详细分析了分藩制的缺点，提到明朝封藩时，叶伯巨说"数世之后，尾大不掉，然后削其地而夺其权，则必生觖望，甚者缘间而起，防之无及矣。"我们现在回过头来看，他说的就是后来朱棣起兵的过程，但朱元璋不以为然，反而以"离间皇族亲情"为由，把叶伯巨害死。
倘若朱元璋当时听从叶伯巨的建议，一开始就不设藩，或者不给他的儿子们那么大的权利，亦或是在太子朱标去世时，尤其是次子、三子接连去世后，朱元璋要是能够及时采取措施，比如在他有生之年就果断撤藩，而不是把问题留给后世，靖难之役也许就不会发生，不过历史不容假设，好在朱棣的能力不逊于朱元璋，他把明朝带向了繁荣。
