万历二十二年十月，朝廷受不了两省互相推诿了，于是派遣南京兵部右侍郎邢阶总督川、贵两省军务。邢阶先礼后兵，派遣使者对杨应龙一番劝说，原本杨应龙就没有必胜大明的把握，因此，在万历二十三年四月的时候，他就恭恭敬敬地反绑双手在安稳这个地方的路边等候，朝廷的人来了一看，杨应龙哭着求死罪，磕头磕得都出了血。杨应龙的行为打动了朝廷的人，刚好日本那边又在聚集兵力，企图进行与明朝进行第二次大战，于是杨应龙再次被饶恕，不过，作为代价，他的十多个亲信被送到明朝审判，他自己则要出4万两银子，同时削职为民，播州由儿子杨朝栋代管，次子杨可栋则被送到重庆府做人质。
杨应龙掀起战端
本来事情到这里，也算是结束了，可是，偏偏杨可栋在做人质的时候，死了！这下可算是捅了马蜂窝，原本杨应龙对于认罪这事情，就始终有所不满，这下就更是愤怒了，于是4万两银子也不缴了，接下来，他派兵占领播州境内的险要地带，收缴境内富户的财产来供养军队，同时乘机追杀自己的仇人，还在找到之前告状的宋氏家族的人后，对他们百般凌虐后杀害。
杨应龙的行为成功激怒了万历皇帝，于是战事再起。于是贵州巡抚派遣数量过万的明军奔赴播州，结果，反而在一个叫做飞练堡的地方遭遇惨败，并且明军三位主将居然还被播州军队枭首处死。播州军队大明军队的暴行，彻底阻断了朝廷饶恕他们的任何可能，于是，原来的四川巡抚李化龙被重新启用，同时，刚刚打败日军的大明东征军队，也被派来讨伐逆贼杨应龙。
这时候，杨应龙还没意识到大祸已经临头，居然还主动派兵攻打四川一带，每攻克一个地方，就是烧杀掳虐。当时，他手下一个叫做孙时泰的谋士还建议他先攻克重庆，再进攻成都，把蜀王当做人质，割据一方，然后静静等待天下的局势变化。不过杨应龙担心这样播州老家不保，于是没有听信这个建议。总之，在明朝大军完成集结期间，杨应龙一直在四川和贵州肆虐，同时，在得知朝廷下定决心要彻底剿灭他后，他竭尽全力，召集了高达10万的军队。
