不过李化龙被朝廷怀疑有私心，于是遭到了罢免，新任四川巡抚王继恩一到，就决定重新审理杨应龙，结果这下杨应龙怕了，说什么也不愿意到四川，朝廷派官兵来找他，反而被他所杀，等朝廷质询他时，他又百般推脱，说自己根本不知情。而到了万历二十一年的时候，张家人又成功告状，于是四川巡抚王继恩和贵州巡抚林乔相一致同意，派兵讨伐杨应龙！
明军兵分四路，向杨应龙占据的播州前进，虽然其中一路明军被播州军以诈降的计策击败，但是其他三路明军却顺利进军，等到了播州腹地时，转而开始稳扎稳打起来。原本按照设想，这些明军即便无法迅速战胜杨应龙，至少也可以作为反对杨应龙的其它播州势力的靠山。
在四川和贵州之间的播州
结果，四川巡抚王继恩突然被朝廷罢免了，重庆府听说这个消息，也不知怎么想的，立刻下令明军返回，结果，好不容易取得的战果，就这样白白浪费了，而明军撤退的路上丢下来的辎重，反而还便宜了杨应龙的播州军队。当时的万历皇帝听说这个消息，除了惩处了相关人员之外，又下令，让四川和贵州两地继续协同找机会剿灭杨应龙。
有意思的是，贵州巡抚林乔相百般推脱，说本省军困民窘，要是再出兵，士兵们都得哀嚎了，用什么激励他们作战呀？而新任四川巡抚谭希思则表明，杨应龙的地盘虽然归属四川，但是以前上缴的财物都是供贵州使用，如果两省合作，那杨应龙好日子也过不了多久，如果自个干自个的，那不知要让杨应龙折腾到多久了。
